Após gera os boletos, é muito importante enviá-los ao banco para registro, para ter certeza se todos os seus boletos foram transmitidos ao banco basta acessar o menu Financeiro.
Após clique em Boleto com Registro no cartão Financeiro.
Os boletos que ainda não possuem arquivo gerado aparecerão na tela, caso não haja nenhum boleto significa que você já transmitiu todos, se houver alguma informação nesta tela, leia o post sobre emissão de boletos clicando aqui.